Sau năm 1975, ông vẫn tiếp tục cai quản giáo phận của mình. Giữa năm 1984, nhà nước Việt Nam trưng dụng nhiều cơ sở Công giáo trên Giáo phận Đà Nẵng, trong đó có Tòa Giám mục, Tiểu chủng viện Thánh Gioan, Nhà hưu dưỡng các linh mục. Ông phải chuyển đến lưu trú tại Nhà xứ Giáo xứ chính tòa một thời gian ngắn, rồi tháng 7 năm 1984, về an dưỡng tại Giáo xứ Trung tâm Thánh Mẫu Trà Kiệu cho tới khi qua đời. Việc cai quản giáo phận lại cho Giám mục phó Phanxicô Xaviê Nguyễn Quang Sách.[4]

Trong những năm cuối đời, sức khỏe của ông thất thường, có lần phải đưa về Đà Nẵng điều trị một thời gian. Đầu năm 1988, bệnh tình ông trở nặng và ông qua đời ngày 21 tháng 1 năm 1988, thọ 79 tuổi.[5]

Trong chúc thư của ông của đoạn: "Ðối với những người thù ghét tôi, làm khổ tôi, nếu có, tôi không có buồn giận ai cả. Trái lại, tôi xin Chúa chúc lành cho họ. Họ làm như thế là làm cho tôi, vì tôi có dịp lập công, đền tội, nhất là trong những ngày sau hết đời tôi. Về nơi chôn cất thì ở đâu cũng được. Xác đất vật hèn: rồi chúng ta sẽ ra tro và bụi hết. Ðến đây tôi xin để lại cho mọi người một ý tưởng sau hết mà tôi đã nói đi nói lại nhiều lần: "Vanitas Vanitatum et omnis vanitas: Phù vân nối tiếp phù vân, mọi sự đều là phù vân. Propter amare Deum et Illi Soli servire: trừ sự kính mến Ðức Chúa Trời và làm tôi một mình Người"[6]